Blebbistatin抑制細胞分裂，改變魚角膜細胞的平滑運動，且抑制缺乏細絲蛋白的細胞系進行自發起泡。Blebbistatin抑制非肌肉肌球蛋白IIA，非肌肉肌球蛋白IIB，和兔骨骼肌肌球蛋白S1的HMM片段的酶活性，而不抑制平滑肌球蛋白。Blebbistatin快速且可逆抑制Mg-ATPase活性，也抑制非肌肉肌球蛋白IIA和IIB的體外活性，而極其微弱抑制平滑肌肌球蛋白（IC50=80 μM）。Blebbistatin有效抑制Dictyostelium肌球蛋白II，但極其微弱抑制Acanthamoeba肌球蛋白II。Blebbistatin不抑制代表性的I，V，和X型肌球蛋白超家族成員。Blebbistatin不與核苷酸競爭性結合到骨骼肌肌球蛋白亞片段-1。Blebbistatin優先結合到ATP酶，與ADP和磷酸鹽在活性位點相互作用，減慢磷釋放。Blebbistatin既不干擾肌球蛋白與肌動蛋白結合，也不干擾ATP誘導的肌動球蛋白解離。

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