醫院污水處理設備替代了去除率很低，處理后出水不能達到國家綜合排放標準的化糞池。經過實地應用表明，醫院污水處理設備是一種處理效果十分理想且管理方便的生活污水處理設備。醫院污水處理設備去除有機物污染物及氨氮主要依賴于設備中的AO生物處理工藝。
根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。根據醫院分類，分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。
醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。
工藝選擇原則為：
1、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
2、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。
3、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院*采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。
4、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。 (二)不同處理工藝的應用情況考慮到以上原則，本方案設計的醫院污水處理工藝流程進行比較: 隨著污水處理技術不斷地發展，近年開發的在國內外普遍應用的工藝有：
1、加強處理效果的一級處理工藝 對于處理出水終進入二級處理城市污水處理廠的綜合醫院，應加強其處理效果，提高SS的去除率，減少消毒劑用量。加強一級處理效果宜通過兩種途徑實現：對現有一級處理工藝進行改造以加強去除效果和采用一級強化處理技術。
(1)工藝流程 對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→一級強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。