獲得高質量的RNA是進行很多分子實驗（RT-qPCR，二代測序轉錄組分析，芯片分析，數字PCR，northem分析及cDNA文庫構建等）的第一步，往往也是最關鍵的一步，下面針對常見的四種分離方式做一個簡單的對比分析。 

第一種：有機試劑萃取法

有機試劑萃取法被認為是RNA制備中的金標準。在純化過程中，樣品在含有C6H5OH的溶液中進行了均質化，然后加入CHCl3，充分混合后靜置片刻然后離心。在離心過程中，樣品會分為三層：下部的有機相，中層含有變性蛋白質及gDNA，而上層水相則含有RNA。然后將上層水相分離出來并先后通過異丙醇，乙醇沉淀及再溶解來獲得RNA。

有機試劑萃取法優點：

1、可以快讀變性核酸酶并穩定RNA；

2、成本低；

有機試劑萃取法缺點：

1、有機試劑氯化物的使用及產生的廢棄物；

2、費力的手動處理流程；

3、難以自動化操作。

第二種：離心柱法

基于濾膜的離心柱法使用了底部安置有膜（通常為玻璃纖維，硅衍生物或者離子交換膜）的離心柱。使用含Rnase抑制劑（通常為胍鹽）的緩沖液來裂解樣品，然后利用離心力使裂解物通過膜來讓核酸結合在膜上，隨后使用清洗緩沖液來清洗膜然后丟棄緩沖液。接下來使用恰當的洗脫緩沖液通過離心的方式將樣品洗脫下來并收集到管中。 

離心柱法優點：

1、方便，容易使用；

2、可進行單一樣品和96孔板樣品處理；

3、可以自動化操作；

4、可以制造多種規格的膜。

離心柱法缺點：

1、易被微粒物阻塞；

2、大分子核酸如gDNA的殘留；

3、制造規格決定了結合能力；

4、自動化處理時，需要復雜的真空抽提系統或離心系統。

第三種：磁珠法

磁珠法所采用的小顆粒（0.5~1 µm)具有一個順磁的核心，其外殼經過修飾可以和特定目標分子結合。磁珠在磁場中時會隨著磁場而移動，但在移除磁場后幾乎不保留磁力。這使得這些磁珠基于它們表面的修飾可以與感興趣的分子相互作用，然后通過外源磁場快速地對它們進行收集，之后移除磁場并對磁珠進行重懸。對樣品首先使用含Rnase抑制劑的溶液進行裂解，然后與磁珠結合。再通過施加磁場將磁珠及其上結合的分子一起收集起來。通過數輪的釋放，重懸于清洗溶液中，然后重新捕獲的過程，最終將RNA釋放到洗脫溶液中并移除磁珠。 

磁珠法優點：

1、沒有濾膜堵塞的風險；

2、基于溶液的結合動力學可以增強目標捕獲的效率；

3、磁性形式使得可以進行樣品的快速收集/濃縮；

4、更易在儀器平臺處理；

5、可以自動化操作；

6、可用于表面修飾的化學基團豐富。

磁珠法缺點：

1、洗脫樣品中可能殘留磁珠顆粒

2、磁珠在粘性溶液中移動緩慢

3、手動操作時磁珠的捕獲/釋放操作很費力

第四種：直接裂解發

直接裂解法進行樣品制備（非純化）時采用的裂解緩沖液，可以破碎樣品，穩定核酸，同時與下游應用相兼容。通常，樣品與裂解試劑混合在一起，在特定條件下孵育一段時間，然后直接用于下游分析。如有必要，可以對穩定后的裂解五進行純化而得到樣品。通過免去與固體表面的結合及洗脫步驟，直接裂解法可以避免在其他純化方法中可能會發生的偏差及對回收效率的影響。 

直接裂解法優點：

1、非常快速簡單；

2、最有可能準確反應樣品中的RNA真實情況；

3、可以很好地應用于非常小量的樣品；

4、可以進行簡單的自動化操作。

5、可擴展性

直接裂解法的缺點：

1、不能用于傳統的分析方法，例如通過分光光度法測定產量；

2、明顯的稀釋作用（對于濃縮樣品更有效）；

3、為了取得好的效果，往往需要根據下游應用進行優化；

4、若沒有正確處理裂解物可能殘留RNase活性。