過氧化氫發生器整個滅菌工藝分為5個階段：除濕、預熱、調節、滅菌、排殘，具體階段如下：
(1)除濕階段
通過潔凈室空調系統，將室內環境的相對濕度降低至生物去污需要的濕度范圍；相對濕度≤55%RH，然后關閉空調系統；
(2)預熱階段
設備通過對對自身管路進行預熱處理，以保證汽化過氧化氫氣體在管路中不至于遇冷冷凝，使氣體充分汽化；
(3)調節階段
將過氧化氫溶液注入汽化器汽化成過氧化氫蒸汽，并通過風機輸入到密閉空間內，直至達到預期的濃度；
(4)滅菌階段
自動調節加藥量，繼續輸入過氧化氫蒸汽，并保持預期的濃度；
(5)排殘階段
停止輸入過氧化氫蒸汽，設備自動進入過氧化氫除殘階段，對設備管道進行除殘，通過設備的除殘系統及滅菌空間的通風系統進行進一步的排殘，直至過氧化氫濃度達到安全濃度以下。
