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能耐受蒸汽滅菌、有一定操作彈性、內部附件盡量減少（避免死角）、物料與能量傳遞性能強，并可進行一定調節以便于清洗、減少污染，適合于多種產品的生產以及減少能量消耗。
用于厭氣發酵(如生產酒精、溶劑)的發酵罐結構可以較簡單。用于好氣發酵(如生產抗生素、氨基酸、有機酸、維生素等)的發酵罐因需向罐中連續通入大量無菌空氣，并為考慮通入空氣的利用率，故在發酵罐結構上較為復雜，常用的有機械攪拌式發酵罐、鼓泡式發酵罐和氣升式發酵罐。
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