現代定義:
微生物：個體難以用肉眼觀察的一切微小生物之統稱。
微生物包括細菌、病毒、真菌、和少數藻類等。（但有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。）病毒是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的“非細胞生物"，但是它的生存必須依賴于活細胞。
根據存在的不同環境分為空間微生物、海洋微生物等，按照細胞機構分類分為原核微生物和真核微生物。

主要特征:
1、體小面大
2、吸多轉快
3、生長繁殖快
微生物的這一特性使其在工業上有廣泛的應用，如發酵、單細胞蛋白等。微生物是人類*的好朋友。

傳統檢測有三種方法:

1、直接顯微鏡觀察，正常情況，在一定的培養條件下（相同的培養基、溫度以及培養時間），同種微生物表現出穩定的菌落特征。可以通過顯微鏡觀察菌落特征對微生物種類進行判斷。

2、選擇培養基培養微生物或人為提供有利于目的菌株生長的條件，選擇培養基，其作用是允許特定種類的微生物生長，同時抑制或阻止其他微生物生長。選擇培養一般是通過觀察微生物的同化作用類型或某一特征進行間接判斷，得到的微生物往往并不只有一種，但是能夠大致確定這些微生物存在的共有特征從而對其分類。

3、鑒別培養基，根據微生物的代謝特點，在培養基中加入某種指示劑或化學藥品。與選擇培養相比，鑒別培養基的鑒別所得結果的范圍比較小，一般可直接測定某微生物的種類。