天然提取制藥是指直接從天然材料中使用分離純化等技術制備藥物。現代藥物zui初來源于植物、動物和微生物，而且以提取分離為先導。
15～17世紀，歐洲有了金雞納、愈創木、藥喇叭根、古柯果和可可等。
19世紀，掀起了天然提取分離藥物的熱潮，從植物中分離出純的有效化學物質。從鴉片中提取出嗎啡結晶；從吐根中分離得活性成份吐根堿。從金雞納樹皮分離得到了奎寧，成為zui早用于治療瘧疾的藥物。從莨菪中提取了阿托品，從古柯葉取得了可卡因；從洋地黃葉子獲得洋地黃甙晶體。
在20世紀50年代后，隨著對動物臟器的有效成分和生理活性物質的全面了解，生產工藝技術提高，改變了原來的混合制劑，生產制備高純度單一特異性組分的生化藥物制劑，如豬牛胰島素、前列腺酶及輔酶、激素、脂類、蛋白質和核酸及其降解產物等。生化藥物品種迅速增加，已成為一類重要的藥物。
由于合成工藝、技術等因素的限制，仍然有些氨基酸、維生素、核苷酸、酶、多糖、脂類等仍然不能合成生產，必須直接從天然材料中提取。還有一些手性藥物和半合成藥物的中間原料也必須從天然材料中直接提取。
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