微波是一種電磁波，能產生高頻電磁場。電介質材料由極性分子和非極性分子組成。在電磁場的作用下，極性分子根據電場的極性從原來的隨機分布狀態變為取向狀態。在高頻電磁場的作用下，分子運動并相互摩擦，從而產生能量，使微波真空干燥箱介質的溫度不斷升高。因為電磁場的頻率高，極性分子振動的頻率很高，所以產生的熱量很高。
微波真空干燥箱應用于食品工業時，食品中的極性分子(水分子)在高頻電磁場的作用下吸收微波能量產生熱量，使食品快速加熱干燥。
在一定的介質分壓下，水和一般的濕介質對應一定的飽和溫度。真空度越大，濕物料中所含的水或濕介質對應的飽和溫度越低，即沸點溫度越低，越容易蒸發逸出，從而使物料干燥。真空干燥就是基于這種熱物理特性，在真空條件下，通過真空泵的抽吸作用，除去不凝性氣體，如低壓水蒸氣和氣相中的空氣等含量較少的氣體。
在真空干燥中，物料的脫水依靠熱傳導將外界熱量傳遞給被干燥的物料，但在低壓環境下，對流傳熱速度慢，阻礙了真空干燥箱的優勢。
微波真空干燥箱利用介質加熱原理，依靠高頻電磁振蕩引發分子運動，使被加熱物體升溫。加熱方式不同于傳統的對流、傳導和輻射。微波直接加熱物體，打破了傳熱的限制因素。微波真空結合了微波干燥和真空干燥，充分發揮了各自的優勢。
在一定的真空度下，水分擴散速度加快，物料可以低溫干燥，很好的保持了物料的營養成分。微波可以為真空干燥提供熱源，克服了真空狀態下導熱速度慢的缺點，從而大大縮短了干燥時間，提高了生產效率。
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