激光掃描共聚焦顯微鏡在組織化學和免疫組織化學中的主要應用是通過一種或多種熒光探針標記后，對固定或活體組織細胞標本進行觀察研究，免疫熒光組織化學是應用zui多的技術。激光掃描共聚焦顯微鏡具有紫外光和激光雙重激發光源系統，免疫熒光組織化學染色后抗體己被標記熒光素，不同的熒光素被不同波長的光激發，熒光強度的變化可被激光掃描共聚焦顯微鏡中的計算機分析軟件采集分析，從而準確反映各指標量的變化。當這些標本用普通熒光顯微鏡觀察時，來自焦點以外其他區域的熒光對結構分辨率干擾較大，尤其是標本厚度在2um以上時，其影響更為顯著。共聚焦方式可以排除焦點之外熒光干擾使分辨率提高。激光掃描共聚焦顯微鏡的功能可分為圖像分析功能和細胞生物學功能兩大類，運用于組織化學和免疫組織化學方面的主要是圖像分析功能。凡是可以標記特異性熒光探針的組織細胞標本均可以利用激光掃描共聚焦顯微鏡進行圖像分析。它的圖像分析處理功能主要體現在三方面，即光學切片、三維圖像重建和熒光定位以及定量分析。