注射用水儲罐及輸水管道的清洗可分為兩種：常規清洗和大清洗。常規清洗(不消毒處理)的頻次：連續使用1周后和停產三天以內再生產前。
大清洗消毒的頻次：連續使用4周后；設備檢修后；停產三天后再生產前。
常規清洗方法：打開注射用水進水閥、各用水閥門、注射用水回水取樣點閥，關閉總回水閥，用新制好的合格的注射用水沖洗各儲罐及輸送管道，直至沖洗至各個取樣點檢驗酸堿度、電導率、氯化物均符合注射用水的要求為止。
大清洗方法：
1、在注射用水儲罐中加入約200L合格注射用水，將2000g氫氧化鈉(分析純)緩緩加入不銹鋼桶中。打開出水輸送閥、各回水閥，關閉各用水閥、注射用水回水取樣點閥、清洗球閥門，開啟水泵，循環5~10分鐘，配制成含量約為1%的Na0H液。
2、開啟清洗球閥門，整個系統再循環清洗20~30分鐘。
3、停止水泵，打開排污閥，將堿液放掉后關閉排污閥。
4、打開注射用水進水閥、各用水閥門、注射用水回水取樣點閥，關閉總回水閥，用新制好的合格的注射用水沖洗儲罐及輸水管道，直至沖洗至各個取樣點檢驗酸堿度、電導率、氯化物均符合注射用水的要求為止。
注射用水儲罐及輸水管道的消毒：純蒸汽消毒。
1、關閉注射用水進水閥，打開排污閥，將罐內殘留注射用水放凈。
2、打開各出水輸送閥、各部門用水閥、回水閥、注射用水回水取樣點閥，微開儲罐排污閥，關閉呼吸氣閥后，打開純蒸汽閥，通純蒸氣。
3、保持蒸汽壓力在0.1~0.3MPa之間，用純蒸汽消毒儲罐及輸送管道30 分鐘以上。
4、消毒完畢后，關閉純汽閥。
5、關閉排污閥，打開注射用水進水閥，用新制好的合格的注射用水循環沖洗儲罐及輸送管道,直至沖洗至各個取樣點檢驗酸堿度、電導率、氯化物均符合注射用水的要求為止，即可投入使用。
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