殼聚糖不僅具有促進傷口愈合的作用，還對細菌具有抑制作用。水溶性殼聚糖對265株臨床分離病原菌進行體外活性測定，結果表明：殼聚糖具有良好的抗菌活性，抗菌譜較廣，對革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌及白色念珠菌均有明顯的抑殺效果。在濃度為6mg/ml時，大部分菌屬的革蘭氏陰性菌約為50-70％的菌株被抑制，對金葡球菌有100％的抑制和殺滅作用；濃度為10mg/ml時，抑菌率達70-100％；實驗表明，殼聚糖對革蘭氏陽性菌及白色念珠菌的敏感性高于革蘭氏陰性菌，濃度為5mg/ml時，對革蘭氏陽性菌的抑菌率達75-100％，而對大部分菌屬的革蘭氏陰性菌的抑菌率只有20-30％；濃度為3mg/ml時，55％的白色念珠菌被抑制，濃度為6mg/ml時，抑菌率達82％。此外，實驗表明殼聚糖不僅對革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌有抑制和殺滅作用，而且對真菌和病毒亦有抑制的作用。

殼聚糖的抗菌機理較為復雜，電鏡觀察表明，細菌受殼聚糖作用后，其形態發生明顯變化，如細胞壁變薄及破損，復制受到抑制，有的細菌的細胞質濃縮，空隙明顯擴大，細胞內部結構消失和分布異常。其抗菌機理為殼聚糖的多聚陽離子基團具有許多正電荷中心和氫鍵中心，這些基團可充分與細菌表面接觸，并且分子量大，具備形成氫鍵能力，可以與細菌的負電荷結合成離子鍵，與病原菌表面的鞭毛及莢膜吸附凝集，破壞細菌胞膜的代謝，抑制病原菌繁殖，從而達到對細菌的抑制和殺滅作用。